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介紹一下~一種新的表面抗體類型集合,對接10x 3’端轉錄組測序
發布日期:2019-11-28瀏覽:

TotalSeq™-A Human TBNK Cocktail

1. 產品描述

The TotalSeq™-A Human TBNK Cocktail包含表面抗體類型:CD19, CD3, CD16, CD4, CD11c, CD56 (NCAM), CD14, CD8, CD45,用來和免疫細胞反應以便對免疫細胞的定義和分類。

該產品以凍干粉的形式保存,便于同時或在不同時間點處理多個樣品時,可減少移液和不同批次造成的不一致性。它還提供了經過優化和滴定的抗體,包裝在方便的一次性小瓶中,可以立即使用。

 

2. 抗體構造

IMG_256

圖1 TotalSeqTM-A模型圖

 

每個克隆都用獨特的寡核苷酸序列(Antibody Barcode)對對應抗體進行標記,這樣可將測蛋白序列轉化為測核苷酸序列;含有illumina標準Small Truseq RNA read 2序列(PCR Handle),進行建庫測序(圖1)。

 

3. 對接3’端10x單細胞轉錄組測序(10x Single Cell Reagent Kit v3.1)

10x Gel Beads poly(dT)序列與抗體寡核苷酸中poly(A)尾巴進行互補配對,富集抗體連接的寡核苷酸序列,進行擴增延伸,將10x barcode標簽加到寡核苷酸鏈上(圖2)。

圖2 抗體與10x Gel Beads配對延伸

 

利用密度離心將細胞表面蛋白寡核苷酸與10x單細胞轉錄組cDNA分離分離(圖3)。

演示文稿3

圖3轉錄組cDNA與表面蛋白寡核苷酸分離

 

接下來進行建庫,加上二代測序引物接頭(P5和P7),利用2100進行質檢,表面蛋白寡核苷酸序列(ADT)長度約為180nt(圖4),質檢合格后對接二代測序儀進行測序(注:10x Single Cell Reagent Kit v3.1使用的protocol參考CG000185 Rev B)。

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圖4 ADT 2100質檢圖

 

4. Antibody barcode信息

表1是該產品包含的8中ADT feature barcode的詳細信息,包括ID、抗體類型、克隆類型、亞型以及序列信息。

表1 ADT feature barcode的詳情表

5. TotalSeq™-A TBNK Cocktail與10x Genomics Single Cell 3' v3 feature barcoding kit 結合測序的Demo數據

用TotalSeq™-A TBNK Cocktail對人類外周血單核細胞進行染色,并結合10x Genomics Single Cell 3'v3feature barcoding kit,進行測序。蛋白質計數數據被轉換并利用UMAP可視化,對細胞簇進行鑒定(圖5)。

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圖5利用TotalSeq™-A TBNK Cocktail鑒定免疫細胞譜系

 

6. 產品使用細節(與10x結合)

適用范圍:人(暫時僅在人PBMC上進行了測試。使用裂解的全血可能需要進一步優化。)

細胞個數:106

抗原分布:T cells, B cells, NK cells, NKT cells, monocytes

 

參考網址:

Biolegend, TotalSeq™-A Human TBNK Cocktail, https://www.biolegend.com/en-us/products/totalseq-a-human-tbnk-cocktail-18614?from=singlemessage&isappinstalled=0

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